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[Cosmo]

Hello,

I am a new Ph.D. student in bioinformatics and my scientific background is mainly form computer sciences and not in biology or bioinformatics so I am sorry if my question is stupid.
My question is quite simple : Does someone have an example of a gene with its TATA Box ?
I have seen a lot of times that the TATA Box is located -35 to -25 bp from the Transcription Start Site:

http://www.biochem.northwestern.edu/holmgr...T/TATA_box.html
http://gpminer.mbc.n...edu.tw/help.php

But the problem is that I am not able to find this TATA Box (Or somethings that looks like a TATA Box) for all the genes that I have tried (about 50)...
Some examples (different genes), in different views (gene sequence views, transcript sequence views, location view):

http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Transc...ENST00000431589
http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Gene/S...17695-133161157
http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Locati...743372-84743444

I am working with the Human genome and I am using the ensembl genome viewer.

Thank you for your answers or any information that you can send to me!

Cosmo

[Felipillo]

You need to get the whole gene sequence, not only the transcript

>20 dna:chromosome chromosome:GRCh37:20:40607848:40713693:1
CTTGCTGCAATGCTATGGGTTGTCCTTTGCTGTGCTATGAGATGGATGCAGAGGTCAGCT
GTGATCTCTGCCCTAGGGGAAACTCAAAGTCTAGAGGGGGAGACAGGCAAGCTCACAGAA
ATCTCAGTGTATTTAAATAACAATAGGCTGTGCACAGTGGTTCATGCCTGTAATCCTAGC
ACTTTGAGAGGCTGAGGTAGGAGGATTGCTTGAGGTCAGGAGTTTAAGACCAGCCTGGGC
AACATAGTGAGATCCTGTCTATACAAAATAATAATAATAATATCAAAACAATAGTAACAC
TTTGGTGAAGATTTGCTACTTGTCAAGTCTTCATTTGGGTTAATTGATTTGATTTTTTTA
TAGCCAACTATGAAGTAAAGAAGTATTATTACCATTTTTACAGCTGAGGTAACTCAAGCT
TACAGAGTGAGTGTGACTTGGAAATGCCAGAAGTTTCAAAGGAGCTGAGTGCAGGTCTTT
CTGATGCCAGAACTAGCACTTTTAACCCTCTTATTACACCACATGTATGTGAATGTGTGT
GTCCACACTGCACAAGGGGGAGCATCACCCTTGGCTTATGAAAAAAATGAAGGCAAAGGG
CAGGAAAGATATTTATCCAGGTAGAGATTATGGTTTTTCAAGCACATTGCTGCAAAAGAA
GCCAAGGCCAGTCTTCAGTGGGCCACACTCTGATGTGCTAATTATAAGTGAACTCTTAGC
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ATTGCTTTTAAAAATATTCTGTAATTCAGAGCGTTACACTTCACTAATTTACCCCCTGCA
TCTCTTCATTACATCACAGGCACCCCTTGTCTTCTCATCTTCCCCTATGATCCCTGAGTG
GGGTTATCCCTATCCTCAGTCAGTGAACATATTTAGCTGAACCCTAAATCCCAAGGATTA
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ATGCGAAGGGTTATTATTATGAGCCTTCCCTGTTAATGAGTATTAATGAGCTAAGGCTGC
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TCTTGGTATCTTGACCGCAATCTGCATGAAGCTAAACGGTTATGTGATGACATACTGGTT
TATCTTTATTCTTAGCTAATTGCTTTAGGATACCTGCCCCCATATTATTCTGCATTTTCA
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GTGACTTGAGATATTCCATGTAAAGTTCTTGCACAGAGCTTGGCACAAAAAAATGTAACA
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GAGTGATCTCTTAATCCAGTCCCATTATTTTATAATTGAGGAAACTGAGGCTCAGAGAGG
GGAAGTGACTTTTTGAAAACCACACATCCTTTATTAAGGAACCAGGTCTGGTTTCTGAGT
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GCTTCAGGCTACATTGTTTTCCAGAAAGAAATGAGACTTTGCCAAACTCTGGGGGAATTT
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GCCTCCTCTCATGCAAGCAGATCTCCTTGATCTTCTAAACCAAGCCACAGAACCCTATCA
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CTGACTTTTCAAAACTCAAGTCCCTGGGGAGATCTCTATGTGTAGGCTCCACCTCTCTTC
CTGGAGCCACAAATGCTCAGAACTGGGGCTTTGAGAGCTGCCCTGAGTCGTCATCTCTGT
CACATCTGATGACAGTTTTTATTAGGACTTTCTGAAAGCTGCTTTCAGTTTCAGGATGTG
TGTCCAACCTTTTCTCAGCCATTAGGAACCCTGAGCTGATACAGTCACTTTCCCTCAAGG
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AAGCAGGTCCCACTGGGAGTTGAGGTAGTGAGGGAGAGAAGCCAAGAACTTTTTAGATTC
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TTAGAGTTGGTCAGTCCCAGGCCCCTAACTATGCCCCCTTGCAGTCCCTAAAGACCTGTC
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TTGTATGATCCCAACCTACTCCAAATACCCACCATCTATCTACCCAATTACCACTGTGCC
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GTTTTCAGCTTTCTGATTTATGCAACTGTAGGAGAATAAATTTATGTTATTTTAAGCCAT
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ATTGTGAACTGCTAAAGCGAGAGATCTAGGTTGTGCACTCCTTACAAGAATCTAATGCCT
GGCCGGGTACAGTGGCTCACACCTGTAATCTTAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGTGGA
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CAAAAAAAAAAAAAAGGATTTAATGCCTGATGATGTCACTGTTTCCCATCACTTCCAGAT
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TTCCCTCACCTCACTTTTATCTAAGTATAGCTAATAAAGGACCAGATTTTTAAGAATTAT
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GTAGAAGTAAATTTTAGATTCTGAAGCTGTTACCATAAGCCAATCGTTGTCCTATCCCCA
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GGGACATCTGGTTCTAGACCCAGCCCCTCCTAATTTGATTTCCATTTGCTGTTGAGCTTG
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GGAAGCATTAATAGAGCTCCGTAGAGAGCCATGAGTCCTTCTCTCCCTAAGGTCTTGATA
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GGAAAGAGCATCTCAATGCTTTGAGGGAGACTTTGGGTTGAAATAGGTTTCCAGGATAAT
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GATGTTTTTGTATGTGTCTTGACAAATTAATGAAGATGGGTTGGGGGATTTCTTTACAGG
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ATTGACTAAAAAAGGGCAGCACAAAGGAATTGTTTGGAATTGTTCTGCATCCTTATTGTG
GTGGTGGTTATACAAATCTGTGTATGTGTTGAAACTCGTAGAACCGTATGCCAGTTTTCC
TGCATGTTATTTTAAAAAATGAAAGAAGAAAAAATGGATTACAGCTTATGTATGGACCAA
CATCTATGCATCTCAGTGTCGAATAAAACCCACAAATTTATTTTACATTGTTTGAATTTT
CAGACAATTTTGAAAAGCATGTCTTTAAAAAGTAATCCTTAGCTCAGTTTGTATACATAC
GTATTTTTATAACATGAAGATCTTTTGCATTAATGCATAAACTAGTTGAAATAAACAAGG
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GAGCCTTTGGGTTTAGTGAGGTGCCTCAATATCCTCATGATAAATTTACCATACTTGTTT
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AAATAGTCCAGATTTATATGAAAGCAAATACAATACTTTACTGAAAGCCATGAAGAATGG
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TGAGCAAAAGCATAGGGGACGTGAAAGCTGATTCCTCAGAACGTAAGCAATCTAGGCGGA
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GATTTCAGTTCAGGAACTAATAAGATCAGAACTGTGTGTGAGAAATAGATCTTGGCTGAT
GTGTAGGATTGAAGGAAAGGGTGAGACCCAAGGCAGGGACCCTGACCAGGAGGCTGCTAA
CTGGAATGGTCTGAAATGACTGCCATGCTGCCTGATCCAAAGGAGTTTCCCAGTGAATAT
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CTCCTCTGAAGCAAAAACCCAGTGGAGAAATGAACTAACAGAGTTGCCCTGAGAGGGGGT
GAGATATTTTCTGCCAATCTGGGGTCATTGGGGAGGGTTATCTTAAGGAAGATGCCAAGG
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GTGAGCCACCGCGCCCAGCCTAAATGCTACTTTTTATTGAGCATCCACTATCCGTAAGAC
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GCTTTAGCCTCATTAGACTCCCAAGGCCGCTGATGAAGGGGGATGGAAGCCAGCATTTAT
TGAATGATTCTGGTGTGCTAGATACTTTCTACGTGATTCACTCCTCTAAAAAGCCCCGTG
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AAGATCATGGACGGATAAAATGAGTAGGGAATCATGAAGCGACATATCTGTGCAATTTCA
AATCCTATACCCCAAGCCTTTTTTTTTTTTTTTGCAGTTATTAGATATAAAATAACTTTT
ATATAATTTTGGGGGGATTTCTGGGAGAAGTTTGAGGGAACTGAAGGTTATTACTTTTCA
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TCTGATTTTTAGGCATAACTTGTGTGTCCATCATTCATGCTAAATAGAGATAGTAGTCCT
GTCCTCTGCTTCTGCTCCTTTTTCTTCTTCTTAGTTTTTAGACATCCTGGTTTGTGTTCT
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TTCTAATACCCCTTGTCCTGCCTCATCCGATTCTTATTTTGCCCCTTGTACTATTCAGGG
ACACCTGCGGCTCCAGGTCAGAGATGCACCTGCTAGTCCTGCCTCTACAGGACCCAACCC
ATCAGTTCCTAGCTTGTCCTTCTGGTGAGAATTGAGCACACTATACTGTGGACATAAAGA
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ACCTGAATAATTAAAAAATAAGCTATAATTGAACAAATGCTAGAGTAAAGTGCATACAGA
AATTTTAGGAAGTTGGTGGGTAGGGGAGTAAATAATAATGTGTTGTTCCTTAAGTCATAA
TAAATTTCAAAATATCTGTTAACATCTATTTCCTCTATTCCCATTACTATGTGAATTCTT
AGTTCCTGACAAATGAATTAGTTGAAACAGTAACATTATTTTGGTATTTTTATTTATTGT
TTATTCAGTCTGGGTCAACATCATAGAATGCTGAATCAGCAGGCAATTCCACAATAATCT
GCTTGAGTACAAGAATTTGAATATGATATGTTGTAGGGATAGCAGGATACCAATATGGGG
AGTGGGTTTGGGTAGCCCCCCATACCCTTAAGTGAATAAAGGGCTAGGCTGGAAAGTTAT
GAATGTGGAATGGATGGTTTGAGAACTCCAGACGTGGGGCAGGTCAACACTGACCTCTTA
GGAGGAAGGAGTTTAGATGGGATAACATTTTGACATTCCCTTTGGACAGGGACCCTATGG
ATTAAGTGGGAAAGCTAGAGAGGGAGAAGGAAGTGGTTGTTCAGATAACATAGGTGGGAC
TTCCAGATTCAGGTGGCATCTGGCTGTGGCACTTGGGTTCCCTTTTCTCCTCACCCGTGG
CACTTCTCATGAAGACACAGAAACCACTACTACTTTTTGGTAACATGGATTCTGGGCCTT
GGGTGGAGTTTTTACTTAGTAAAGCAAGGATGATACTCTTGGGCAAAAGAACAGAAAAAT
ACATGATAGGAGATTTTCAGTTATTACTCCTATCTACTTCCTGCCTTAAAGGCAGTGTCT
CCACTGAACAAAAGGAGAGAAACCCGCACTTACTACACAGAAGCTGTTTCTGAGGCCATT
TAACCTCCAGCACTCCCTATTATCACTTCTATTGATTTACCATTTGTGGGACTAATTTAA
ACTTTCTAGAAATTAAAAAAGCAGGAAGGGATCGTGGCAGATGAAAACAGGATATGGATC
TTTGCATATGTGTCTTAGTCTGTTTGTGCTGCTAAAACAAAATGCCATAGACTAGGTAAT
TTATAAGGAAGATAAATGGATTTTTTCATGGTTCTGAGGATCTGGAAGTCTAATATCAAG
GCGCTAACATCTGGTGTCTGGTGACGGCTGCTCTCTGCTTCCAGGATGGCTCCTTCTTGC
TGCATCTTCCAGATGGGATGGACACTGTGTCCTCTCATGGCAGAAGAGTGGAAGAGAAAA
CACCCACTCCCTCAAGCCCTTTTAAAATGCCGTAATCCCATGCATGAAGGTTTTGCTTTC
ATGACTTAATCACCTTTTAAAGGCCCCACCTGTTAACACTATCATTTGGGTGATTAAGTT
TCAACATATGAATTTTGGGGTGCACATTCAGGCCATACCAATACCAGACTGTGAAATCAA
CGAAATTGACTGTGAAATCTATGAAAGAGTAGAGCTAGAGAGACCTGTGAGACAGTTATA
TGCTGGTGAATGTAAATGTCCATGCATTGCTTTTCCTAAAGCAGAGACGGCTGCATACAA
TTATCCCAGAATATTCCCTCCACATGTTCCGAAGTCAGCCCATTCTGGTCTAGAATACAC
ATGAGAATAAGGACTGTACCACTAGGAATTTGGAATCTGTGCATATTAATCAGCCCTCAG
CTTAAGGTCTAGATGTGGATTCTAATTATAGTCATGTAGTTAATAACAAGGACCAAAGAA
GATCCATCCAAACTATGTACTGGCAACATGCCTGACCAGCTTTCTCCTTTATCAAGCATG
AATAATAGGAAAAACAAAACAAGAGACCTTGAAGATTTTTCTGAGACATAAAAAGGAGAA
TACTAGATTCAGAAGAAAAATGTCTTGAAAAAATATAAAATAGTTAATAAAGGCATTTAC
TAGGATGCGTCTTTTTGTGTTCTCAGTAAATTTGAACGCTGAGATACAAGAAACGACAGA
TGACATAGTAAGATTAAAAGAGTTGCTAAGATGCAAGCAGAAATTGAGATAAAGATTGTA
AATACCTGTAAAATCCAATAGCTTAATAAAACTTGTATTGGGATTAGAAGCAGTAAAGAA
AATAAATAATATTGCAGAAAATGGAGTTGGTGTTAAGGAAGATGCAGTTAAGAAGATCTC
CTGGAATGTAGAGAAAAAGCCCAGGGAAAGAAGGTAGTTATCAATGGGGAGGATATATGG
AGGACAGAGAATGGAAATTCTGGGCTGTAGGGACAAAAGATGGAAGCAGTGTCACTGCGC
CCAGGGGCAGGGATCACCAAGTAGAAACTGGAAAAAGAGGGAGCCTTGTCCAGCCCAAGT
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GGATGAGGGAACCTGGAAAATGCAGCCTGTATGGGTCAGCCCTACTGTGATACCAAATAA
GCAACGGAAAGGGCAGGGATGGGCATGAGGGCAAAAACAGGTGAAGGACTGGTCTATACA
ACTTAGAAGACACTTTTTACAACAAAAACTGCCTGAGTCAAAAGTTGATTTGACTGACAC
AAATTAAATGTATCAGTTAAATACGTGAAGGCCAAACATGACAGTAAATGGATTAAATTC
CTCCATTAAAAGAAGATCTGTCTTAGATTTGGTTTAGAATCCACCAAAGCCAATTATAGC
TATTTGTCAAAGCTTCACCTAAAAGAGGCAAAAAAAAAAAAATGCTAAAAATAAAAACTG
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TTAGAAGTCATTTTATGCCAATGAAAGAAAATTCACATGAATGCTATGATCCTAATTTCC
ATTTATCTCAGTGATTCTCAACTAAGTTGGTAAAAGATGCCCCAAAGATCATATCAGAGT
CTAAGAAGTCATTTTATAAAAACTCACATACACACATATTCTGATATTCAGCGGGAGGGG
GCAAGTAATCCCATTTCCACTGACCCAGAATTACTACTGATGGGCATACATTGCAGCCTT
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AAACAAAACAAAAAACCAAAAAACCATCATGTAGCCTTTGGTTTAAAATAAATGTATGAT
TAGTAATATTGACTTTGATTTAATAGATTTGGATTAAATTTTGTGTTCTGAAAATGGCAA
GAAAATTTTCATTGTTTTTATGCAATAAAACATGGAACATTTATCACAATCTATACTAGT
TTATAAAGAAAATTGATGATCAAGATATTGGAAATGATTCTGGATAAAATCTCTGATAAG
AATGAAATAAAATTAAAATTAGTTTAATTTTATAAAGTGTCAATGAAAAATTCCAAACAT
CAGTTGGCTGTTAACATGTGGCTTTATTTCTGGATTTTCTATGCTGTCCCATTGGTTTAT
GTGTCCAGCTTTATACCAATACCATGCTGTTTTGGTTATTATAATTACGTTTTTGAATGC
TGTTGGATTTGATTGGCTAATGTTCTGTTGAGGATTTTTGCATCTCTGTGCATTAGGGAT
ACTGGCCTGTAGTTTTTCTCTTTTACATGTGTGTCCTTATCTGGTTTTACTATGAGGGTA
ATGCTGGCCTTGTAGAATGAATTAGGGAGAATTCTCTCCTCTTAGATTTTTGGGAGTAAT
TTCAGAAGGATTGGTATTAGCTTATCTTTGTAAGTTTTGTAGAATTCAGCTGTGAATGCA
TCTGGTCCTGGGCTTTTCTCTGTTGGGAGAGTTTTTATTACTGATTCAAACTCACTACTC
ATTTTTGGCCAATTTAAGTTTTCTATTTCTTCCTGATTCAATCTTGGTTGGTTGTGTGTT
TCCAGGAATTTATCCATTTCCTCTAGGTTTTTCAGTTTGTTAGCATATAGTTGTTCATAA
TCATCTTTTGTTTTTCTGTAGCATCAGTTGTAATGTCTCCTTTTTCATTTCTGATTTTGT
TGATTTAAGTCTTCCCTTTTCTTGTTTAGTCTGGCTAGTGGTTTATTGACTTTGTTTATC
TTTTCAAAGAATTGACTTTTTTCTTTTATTGACTTTTGTATTTTTTTAGTCTCTATTTCA
TTTAGTTCATTCTAATCTTTACTATTTTTCTGCTAATTTGGGGTTTTGTTGTTTTTTCCT
TTTTTAGTTTCTTTAGGTACATTGTTAGACTGTTAATTTATAATATTTCCACATTTTGAT
GTAGGCATTTATTGATATAAACTTCCCTCTTAGCACTGCTTTTGCTATATCCCACAGGTT
TTGGTTGTTGTATTCCCATTTTAATTTGTTTCAAGAAATTTTTTTATTTTCATCTTAATT
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AGTTCCTCCTGGTATTGATTTATTTGTTTTATTCTATTGTGGTCTAAGAAGATACTTAAT
ATAATTTTGATTTTTAAAATTTGTTGAGACTTGCTTTGTAGCTTAACATATGGTCTATCC
TGGAGAATATTCTATGTGCTGATGAAAAAATGCATATTCTGTGGTTGTATAGAACGATCT
GTAAATGTTAGGCCCATTTGGCCTAAAGTCCAGTTTAAATCCAATGTTCTTTGTTGATTT
TATGTCTAGGTGACCTGCTCAATGCTGAGAGTGGAATGTTGAAGTTCCCCACCACTACTG
CATTGCATCTATCTCTCTCTTTGGACCTAGTAATATTTGCTTTATGAATCTGGATGCTCT
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GGCTGTTCTGCTGGGGATGCTTGCGTACATGCACCTTGCAGATACCCCGGGGACTGCAGC
ATCATGGTGGAAGACAGACCAAATGGGATCTAAGCCATGTCCTCACGGGGAGAGTCCCCA
TGACTACTTCTATTCCTTCGTGTACACAGATTCTCTTGCCGTGACTGCCCTGAACCCCCT
TTTGTA

Then you use this program http://www.softberry.ru/berry.phtml?group=...&topic=tssg

and get this output

>20 dna:chromosome chromosome:GRCh37:20:40607848:40713693:1                     
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 Threshold for LDF-  4.00
    19 promoter(s)  were predicted
 Pos.:  78169 LDF- 26.35 TATA box predicted at  78140
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 Transcription factor binding sites:
for promoter at position -   78169
 77880 (-) S01090       AATGA
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 77947 (-) S01946       ANATGG
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 78114 (-) S00089       CANYYY
 78045 (-) S00089       CANYYY
 77981 (-) S00089       CANYYY
 78128 (-) S00633       CCAAT
 78091 (-) S00243       CCACCA
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 77951 (-) S00492       CCAWATWWGG
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 78140 (-) S01936       CCCMNSSS
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 78134 (-) S01936       CCCMNSSS
 78138 (-) S00802       CCGCCC
 77942 (+) S00230       CCWWWWWWGG
 77951 (-) S00230       CCWWWWWWGG
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 77968 (-) S01622       CWKKANNY
 77910 (-) S01622       CWKKANNY
 77969 (+) S00038       GAACAG
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 78134 (+) S00781       GGCGGG
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 78132 (+) S00974       GGGGC
 78132 (+) S00979       GGGGCGGG
 78132 (+) S00327       GGGGCGGGGT
 78131 (+) S00857       GGGGGCGG
 78133 (+) S01193       GGGNGGRR
 78054 (-) S00742       GGTCC
 78132 (+) S00064       KGGGCGGRRY
 78132 (+) S01542       KRGGCGKRRY
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 78166 (+) S02023       MAMAG
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 78138 (-) S01964       SCGSSSC
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 77975 (+) S01375       TGGGC
 78089 (+) S01375       TGGGC
 77922 (-) S01375       TGGGC
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 77965 (+) S02121       WCTGG
 78071 (+) S02121       WCTGG
 77965 (+) S00487       WCTRG
 78071 (+) S00487       WCTRG
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for promoter at position -   20233
 19956 (-) S00922       AGAGG
 20204 (-) S01904       CACCTG
 19944 (+) S00395       CACGCW
 19974 (-) S00395       CACGCW
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 20125 (-) S00089       CANYYY
 19940 (+) S00243       CCACCA
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 20007 (-) S01003       CCCAG
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 20231 (-) S00801       CCCGCC
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 20007 (-) S01936       CCCMNSSS
 20230 (-) S00802       CCGCCC
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 20142 (-) S01703       CMGTTR
 19979 (-) S01622       CWKKANNY
 20146 (+) S00038       GAACAG
 19993 (+) S00973       GAGGC
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 20119 (+) S00973       GAGGC
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 20074 (-) S00437       GGCCG
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 20088 (-) S00781       GGCGGG
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 20147 (+) S02023       MAMAG
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 20092 (-) S02023       MAMAG
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 20128 (-) S02137       TGGCA
 20004 (+) S01375       TGGGC
 20159 (-) S01375       TGGGC
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 19954 (+) S02121       WCTGG
 20110 (-) S02121       WCTGG
 19954 (+) S00487       WCTRG
 20110 (-) S00487       WCTRG
 20028 (+) S01773       XGGAYGT
 20043 (-) S01773       XGGAYGT
 20037 (-) S01773       XGGAYGT
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 20010 (-) S00346       YCSCCMNSSS
 20232 (-) S01081       YYCCGCCC
for promoter at position -   41348
 41118 (+) S01153       AARKGA
 41326 (+) S00922       AGAGG
 41253 (-) S00922       AGAGG
 41214 (+) S00392       AGGAAG
 41161 (+) S01946       ANATGG
 41270 (-) S01946       ANATGG
 41319 (+) S00188       ATGAGTCAG
 41319 (+) S00470       ATGAGTCAGA
 41064 (+) S00830       ATTGCAT
 41087 (+) S00089       CANYYY
 41143 (+) S00089       CANYYY
 41155 (+) S00089       CANYYY
 41182 (+) S00089       CANYYY
 41188 (+) S00089       CANYYY
 41266 (+) S00089       CANYYY
 41321 (-) S00089       CANYYY
 41288 (-) S00089       CANYYY
 41139 (-) S00089       CANYYY
 41117 (-) S00089       CANYYY
 41068 (+) S01616       CATTW
 41049 (-) S01616       CATTW
 41205 (+) S01003       CCCAG
 41229 (-) S01003       CCCAG
 41316 (-) S01936       CCCMNSSS
 41277 (-) S00057       CCTGAWWA
 41258 (+) S01144       CTCATGA
 41247 (-) S01622       CWKKANNY
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 41252 (-) S02135       GAGGCC
 41347 (+) S00081       GGGRHTYYHC
 41346 (+) S01498       GGGRNTYYC
 41171 (+) S00742       GGTCC
 41130 (-) S00742       GGTCC
 41336 (+) S02023       MAMAG
 41273 (-) S02023       MAMAG
 41179 (-) S02023       MAMAG
 41150 (-) S02023       MAMAG
 41327 (-) S00143       STGACTMA
 41161 (-) S00972       TAGGC
 41326 (-) S01426       TGACTCA
 41320 (+) S00476       TGAGTCAG
 41320 (+) S01424       TGANTMA
 41326 (-) S01424       TGANTMA
 41261 (-) S02100       TGASTAG
 41320 (+) S01935       TGASTMA
 41326 (-) S01935       TGASTMA
 41226 (+) S01375       TGGGC
 41214 (-) S00250       TGRMCC
 41287 (+) S00864       TGTCCT
 41344 (-) S01037       TGTTCT
 41320 (+) S01595       TKAGTCA
 41144 (-) S02000       TKNNGNAAK
 41144 (-) S00121       TKNNGYAAK
 41224 (+) S02121       WCTGG
 41295 (+) S02121       WCTGG
 41224 (+) S00487       WCTRG
 41295 (+) S00487       WCTRG
 41163 (-) S00487       WCTRG
 41318 (-) S00346       YCSCCMNSSS
for promoter at position -   33333
 33190 (+) S01153       AARKGA
 33151 (-) S00192       AATAAAT
 33142 (-) S00192       AATAAAT
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 33317 (+) S00110       ATGCATCT
 33052 (-) S00880       ATTGG
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 33072 (-) S00089       CANYYY
 33276 (+) S01616       CATTW
 33333 (-) S01616       CATTW
 33319 (-) S01616       CATTW
 33072 (-) S01616       CATTW
 33048 (+) S00633       CCAAT
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 33235 (+) S01936       CCCMNSSS
 33237 (+) S00802       CCGCCC
 33210 (+) S00040       CCTGC
 33267 (+) S00040       CCTGC
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 33171 (-) S01622       CWKKANNY
 33047 (-) S01502       GAGGAA
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 33242 (-) S01193       GGGNGGRR
 33049 (-) S01193       GGGNGGRR
 33195 (+) S02023       MAMAG
 33301 (-) S02023       MAMAG
 33188 (-) S02023       MAMAG
 33237 (+) S01964       SCGSSSC
 33078 (+) S00435       TACAAA
 33312 (+) S00435       TACAAA
 33064 (+) S00087       TATAAA
 33130 (-) S00087       TATAAA
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 33064 (+) S01540       TATAWAW
 33127 (+) S01540       TATAWAW
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 33130 (-) S01540       TATAWAW
 33252 (-) S00483       TATCTT
 33163 (-) S01424       TGANTMA
 33144 (-) S01424       TGANTMA
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 33173 (-) S02000       TKNNGNAAK
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 33113 (+) S02121       WCTGG
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for promoter at position -   54579
 54553 (+) S01153       AARKGA
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 54570 (-) S01029       ATGCAAAT
 54570 (-) S00033       ATGCAAATNA
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 54325 (+) S00089       CANYYY
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 54489 (+) S01616       CATTW
 54557 (-) S01616       CATTW
 54300 (-) S01616       CATTW
 54424 (-) S01003       CCCAG
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 54424 (-) S01936       CCCMNSSS
 54431 (-) S00481       CTATCA
 54371 (-) S01622       CWKKANNY
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 54415 (+) S00973       GAGGC
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 54465 (+) S00191       TAAATTA
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 54561 (+) S00035       TGATTTGCAT
 54528 (-) S02137       TGGCA
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 54515 (+) S00043       TGGGMNNNNNGCCA
 54290 (+) S01937       TGTGGWWW
 54476 (-) S02000       TKNNGNAAK
 54476 (-) S00121       TKNNGYAAK
 54561 (+) S01150       TNATTTGCAT
 54561 (+) S00015       TSATTTGCAT
 54432 (+) S02121       WCTGG
 54578 (+) S02121       WCTGG
 54432 (+) S00487       WCTRG
 54578 (+) S00487       WCTRG
 54426 (+) S00381       WGATAR
 54405 (-) S01629       WGNAMCYK
 54286 (+) S01773       XGGAYGT
for promoter at position -   86494
 86452 (-) S01090       AATGA
 86248 (-) S00099       AGCCACT
 86384 (-) S01946       ANATGG
 86214 (+) S00089       CANYYY
 86363 (+) S00089       CANYYY
 86483 (+) S00089       CANYYY
 86473 (-) S00089       CANYYY
 86428 (-) S00089       CANYYY
 86349 (-) S00089       CANYYY
 86214 (+) S01616       CATTW
 86449 (+) S01616       CATTW
 86477 (+) S01616       CATTW
 86428 (-) S01616       CATTW
 86291 (-) S01003       CCCAG
 86361 (+) S01936       CCCMNSSS
 86394 (-) S00040       CCTGC
 86491 (+) S01619       CNNNTNNTNATTG
 86407 (-) S00481       CTATCA
 86337 (-) S01454       CTGAATCAC
 86422 (-) S00794       CTTTCC
 86296 (+) S01622       CWKKANNY
 86391 (+) S01622       CWKKANNY
 86449 (+) S01622       CWKKANNY
 86417 (-) S01622       CWKKANNY
 86298 (-) S01622       CWKKANNY
 86213 (-) S01622       CWKKANNY
 86399 (-) S01909       GAGGTC
 86351 (+) S01645       GGGAATCTCC
 86361 (-) S01644       GGGAGATTCC
 86351 (+) S02001       GGGAMTNYCC
 86351 (+) S01497       GGGRATYYCC
 86351 (+) S00081       GGGRHTYYHC
 86351 (+) S01498       GGGRNTYYC
 86397 (-) S00742       GGTCC
 86234 (+) S02023       MAMAG
 86443 (+) S02023       MAMAG
 86462 (-) S02023       MAMAG
 86350 (+) S00275       RGGGRMTYYCC
 86222 (-) S00435       TACAAA
 86464 (+) S00087       TATAAA
 86464 (+) S00615       TATAAAA
 86464 (+) S01540       TATAWAW
 86409 (+) S01426       TGACTCA
 86330 (+) S01424       TGANTMA
 86409 (+) S01424       TGANTMA
 86415 (-) S01424       TGANTMA
 86336 (-) S01424       TGANTMA
 86409 (+) S01935       TGASTMA
 86415 (-) S01935       TGASTMA
 86330 (+) S01433       TGATTCAG
 86256 (-) S00044       TGGNNNNNNGCCA
 86415 (-) S01595       TKAGTCA
 86219 (+) S02000       TKNNGNAAK
 86348 (+) S02000       TKNNGNAAK
 86219 (+) S00121       TKNNGYAAK
 86286 (+) S02121       WCTGG
 86299 (-) S02121       WCTGG
 86286 (+) S00487       WCTRG
 86433 (-) S00487       WCTRG
 86299 (-) S00487       WCTRG
 86402 (+) S00381       WGATAR
 86484 (-) S00381       WGATAR
 86359 (+) S00346       YCSCCMNSSS
for promoter at position -  100760
100573 (+) S00128       AANCCAAA
100573 (+) S02062       AARCCAAA
100579 (+) S01153       AARKGA
100693 (+) S00922       AGAGG
100511 (+) S00392       AGGAAG
100606 (-) S01946       ANATGG
100590 (-) S01946       ANATGG
100586 (+) S00089       CANYYY
100602 (+) S00089       CANYYY
100753 (+) S00089       CANYYY
100638 (-) S00089       CANYYY
100554 (-) S00089       CANYYY
100494 (-) S00089       CANYYY
100467 (-) S01616       CATTW
100568 (+) S01003       CCCAG
100630 (+) S01003       CCCAG
100503 (-) S01003       CCCAG
100712 (+) S00956       CCCCCGCCCC
100713 (+) S01187       CCCCGCCC
100714 (+) S00801       CCCGCC
100712 (+) S01936       CCCMNSSS
100713 (+) S01936       CCCMNSSS
100715 (+) S00802       CCGCCC
100467 (-) S01622       CWKKANNY
100535 (-) S00085       GATGTCC
100719 (-) S00781       GGCGGG
100569 (-) S01168       GGGCAAAT
100720 (-) S00978       GGGCGG
100721 (-) S00974       GGGGC
100570 (-) S00974       GGGGC
100570 (-) S01167       GGGGCAAAT
100721 (-) S00979       GGGGCGGG
100721 (-) S00326       GGGGCGGGGG
100722 (-) S00857       GGGGGCGG
100634 (+) S01193       GGGNGGRR
100720 (-) S01193       GGGNGGRR
100634 (+) S02016       GGGTGGG
100586 (-) S00742       GGTCC
100547 (+) S02023       MAMAG
100577 (+) S02023       MAMAG
100670 (+) S02023       MAMAG
100729 (-) S02023       MAMAG
100647 (-) S02023       MAMAG
100486 (-) S02023       MAMAG
100715 (+) S01964       SCGSSSC
100741 (-) S01398       TCTCTTA
100619 (+) S02137       TGGCA
100660 (-) S02137       TGGCA
100466 (+) S01375       TGGGC
100654 (-) S00864       TGTCCT
100508 (+) S02000       TKNNGNAAK
100561 (+) S01974       TRTTTGY
100573 (-) S02121       WCTGG
100573 (-) S00487       WCTRG
100537 (-) S01773       XGGAYGT
100711 (+) S00346       YCSCCMNSSS
100713 (+) S01081       YYCCGCCC
for promoter at position -    1776
  1578 (-) S01153       AARKGA
  1577 (-) S01090       AATGA
  1672 (+) S00099       AGCCACT
  1521 (-) S01946       ANATGG
  1574 (+) S00089       CANYYY
  1708 (+) S00089       CANYYY
  1700 (-) S00089       CANYYY
  1666 (-) S00089       CANYYY
  1555 (-) S00089       CANYYY
  1501 (-) S00089       CANYYY
  1487 (-) S00089       CANYYY
  1559 (+) S01616       CATTW
  1574 (+) S01616       CATTW
  1642 (+) S01616       CATTW
  1555 (-) S01616       CATTW
  1746 (-) S02113       CCAGCTG
  1697 (-) S01187       CCCCGCCC
  1696 (-) S00801       CCCGCC
  1697 (-) S01936       CCCMNSSS
  1695 (-) S00802       CCGCCC
  1636 (-) S00040       CCTGC
  1505 (+) S01622       CWKKANNY
  1774 (+) S01622       CWKKANNY
  1525 (-) S01622       CWKKANNY
  1574 (-) S01590       GATAAG
  1544 (-) S01089       GCCAA
  1691 (+) S00781       GGCGGG
  1690 (+) S00978       GGGCGG
  1689 (+) S00974       GGGGC
  1723 (+) S00974       GGGGC
  1689 (+) S00979       GGGGCGGG
  1690 (+) S01193       GGGNGGRR
  1532 (+) S02023       MAMAG
  1618 (+) S02023       MAMAG
  1706 (+) S02023       MAMAG
  1731 (-) S02023       MAMAG
  1668 (-) S02023       MAMAG
  1569 (+) S00477       MYWATCWY
  1739 (+) S01950       RCAGNTG
  1477 (-) S01950       RCAGNTG
  1695 (-) S01964       SCGSSSC
  1513 (-) S00484       TATCTC
  1478 (-) S01056       TGCAGGTGT
  1541 (+) S02137       TGGCA
  1565 (+) S00864       TGTCCT
  1766 (+) S02121       WCTGG
  1658 (+) S00487       WCTRG
  1735 (+) S00487       WCTRG
  1766 (+) S00487       WCTRG
  1663 (-) S00487       WCTRG
  1575 (-) S00381       WGATAR
  1641 (-) S01629       WGNAMCYK
  1695 (+) S01773       XGGAYGT
  1697 (-) S01081       YYCCGCCC
for promoter at position -   80365
 80074 (+) S01153       AARKGA
 80208 (+) S01153       AARKGA
 80247 (+) S01090       AATGA
 80254 (+) S00744       AGAAATG
 80099 (+) S00922       AGAGG
 80166 (-) S00922       AGAGG
 80256 (+) S01946       ANATGG
 80328 (-) S01946       ANATGG
 80122 (-) S01946       ANATGG
 80172 (-) S00109       ATGCAAAG
 80121 (+) S00880       ATTGG
 80360 (+) S00880       ATTGG
 80324 (+) S00089       CANYYY
 80313 (-) S00089       CANYYY
 80260 (-) S00089       CANYYY
 80229 (-) S00089       CANYYY
 80220 (-) S00089       CANYYY
 80199 (-) S00089       CANYYY
 80180 (-) S00089       CANYYY
 80151 (-) S00089       CANYYY
 80091 (-) S00089       CANYYY
 80324 (+) S01616       CATTW
 80260 (-) S01616       CATTW
 80199 (-) S01616       CATTW
 80364 (-) S00633       CCAAT
 80125 (-) S00633       CCAAT
 80267 (+) S00040       CCTGC
 80159 (-) S00040       CCTGC
 80233 (-) S00996       CTTGCAT
 80165 (+) S00994       CTTTGCAT
 80076 (-) S01622       CWKKANNY
 80165 (-) S00973       GAGGC
 80165 (-) S02135       GAGGCC
 80189 (-) S01909       GAGGTC
 80359 (+) S00780       GATTGG
 80158 (+) S00974       GGGGC
 80187 (-) S00742       GGTCC
 80153 (-) S01544       GSSWGSCC
 80213 (+) S02023       MAMAG
 80340 (+) S02023       MAMAG
 80169 (-) S02023       MAMAG
 80110 (-) S02023       MAMAG
 80364 (-) S00477       MYWATCWY
 80133 (+) S02095       RRRCWWGYYY
 80142 (-) S02095       RRRCWWGYYY
 80208 (-) S00972       TAGGC
 80335 (+) S00087       TATAAA
 80335 (+) S00615       TATAAAA
 80335 (+) S01540       TATAWAW
 80266 (-) S00484       TATCTC
 80084 (-) S00483       TATCTT
 80297 (+) S01424       TGANTMA
 80303 (-) S01424       TGANTMA
 80325 (-) S02137       TGGCA
 80273 (-) S02137       TGGCA
 80154 (-) S02137       TGGCA
 80142 (+) S00044       TGGNNNNNNGCCA
 80198 (+) S01037       TGTTCT
 80140 (+) S02121       WCTGG
 80140 (+) S00487       WCTRG
 80080 (+) S00381       WGATAR
 80362 (+) S01773       XGGAYGT
 80142 (+) S01994       YGGMNNNNNGCCA
for promoter at position -   56123
 56103 (+) S01152       AAGTGA
 56103 (+) S01153       AARKGA
 55957 (-) S01153       AARKGA
 56039 (-) S00192       AATAAAT
 55956 (-) S01090       AATGA
 55949 (-) S01090       AATGA
 55980 (-) S00922       AGAGG
 55889 (+) S00392       AGGAAG
 55911 (+) S01946       ANATGG
 55901 (-) S01946       ANATGG
 55948 (-) S00833       ATGAAAAT
 56054 (-) S01029       ATGCAAAT
 56054 (-) S00033       ATGCAAATNA
 56047 (+) S00814       ATTTGCAT
 55994 (+) S01904       CACCTG
 55870 (+) S00089       CANYYY
 55881 (+) S00089       CANYYY
 55953 (+) S00089       CANYYY
 56012 (+) S00089       CANYYY
 56107 (-) S00089       CANYYY
 56087 (-) S00089       CANYYY
 55859 (+) S01616       CATTW
 55953 (+) S01616       CATTW
 55868 (+) S01003       CCCAG
 55910 (-) S01003       CCCAG
 55859 (+) S01622       CWKKANNY
 55888 (+) S01622       CWKKANNY
 56018 (+) S01622       CWKKANNY
 56087 (+) S01909       GAGGTC
 55979 (-) S01909       GAGGTC
 56059 (+) S01089       GCCAA
 55900 (+) S00436       GTCCGT
 55923 (+) S01682       KGCWARGKYCAY
 56073 (-) S00477       MYWATCWY
 55832 (-) S00477       MYWATCWY
 56001 (-) S01190       RYYWSGTG
 55888 (+) S02024       SAGGAAGY
 56092 (+) S01205       SWATWWAG
 56037 (-) S00191       TAAATTA
 55830 (+) S00972       TAGGC
 56093 (+) S00087       TATAAA
 56071 (+) S01540       TATAWAW
 56076 (-) S01540       TATAWAW
 55980 (+) S00124       TCAGGTA
 55980 (+) S01999       TCAGRTA
 55844 (-) S00152       TGGGAATT
 55898 (-) S01375       TGGGC
 56084 (-) S02000       TKNNGNAAK
 56084 (-) S00121       TKNNGYAAK
 56045 (+) S01150       TNATTTGCAT
 55905 (+) S02121       WCTGG
 55873 (-) S02121       WCTGG
 55853 (-) S02121       WCTGG
 55905 (+) S00487       WCTRG
 55966 (-) S00487       WCTRG
 55873 (-) S00487       WCTRG
 55853 (-) S00487       WCTRG
 56019 (+) S01773       XGGAYGT
for promoter at position -   59050
 58771 (-) S01152       AAGTGA
 58845 (-) S01153       AARKGA
 58771 (-) S01153       AARKGA
 58811 (+) S01069       ACCNNNNNNGGT
 58822 (-) S01069       ACCNNNNNNGGT
 59044 (+) S00922       AGAGG
 58963 (-) S01904       CACCTG
 58767 (+) S00089       CANYYY
 58810 (+) S00089       CANYYY
 58884 (+) S00089       CANYYY
 58894 (+) S00089       CANYYY
 58997 (+) S00089       CANYYY
 58933 (-) S00089       CANYYY
 58752 (+) S01616       CATTW
 58786 (+) S01616       CATTW
 59013 (+) S01616       CATTW
 58974 (-) S01616       CATTW
 59004 (-) S01051       CCAAGT
 58807 (+) S00070       CCACACCC
 58992 (+) S01003       CCCAG
 58989 (+) S00802       CCGCCC
 58828 (+) S01197       CTATTC
 58769 (+) S01622       CWKKANNY
 58786 (+) S01622       CWKKANNY
 58916 (+) S01622       CWKKANNY
 58982 (+) S01622       CWKKANNY
 59013 (+) S01622       CWKKANNY
 58762 (+) S00856       GCACTC
 58934 (-) S00856       GCACTC
 58994 (-) S00978       GGGCGG
 58814 (-) S00555       GGGTGTGG
 58956 (-) S02023       MAMAG
 58939 (-) S02023       MAMAG
 58891 (-) S02023       MAMAG
 58957 (+) S01950       RCAGNTG
 58967 (+) S00087       TATAAA
 59021 (+) S00087       TATAAA
 59024 (-) S00087       TATAAA
 59024 (-) S00615       TATAAAA
 58967 (+) S01540       TATAWAW
 59021 (+) S01540       TATAWAW
 59024 (-) S01540       TATAWAW
 58801 (+) S00485       TCATCAC
 58832 (+) S00262       TCNTACTC
 58832 (+) S00264       TCTTACTC
 58947 (-) S02137       TGGCA
 58778 (-) S02137       TGGCA
 58995 (-) S01375       TGGGC
 58885 (-) S01375       TGGGC
 58905 (-) S02000       TKNNGNAAK
 58905 (-) S00121       TKNNGYAAK
 58780 (-) S02121       WCTGG
 58780 (-) S00487       WCTRG
 58995 (+) S01629       WGNAMCYK
 59020 (+) S01989       YTAWAAATAR
for promoter at position -   89636
 89610 (+) S01153       AARKGA
 89497 (-) S01153       AARKGA
 89496 (-) S01090       AATGA
 89343 (+) S00744       AGAAATG
 89520 (+) S00922       AGAGG
 89411 (+) S00099       AGCCACT
 89345 (+) S01946       ANATGG
 89576 (-) S01946       ANATGG
 89387 (-) S01946       ANATGG
 89443 (-) S00109       ATGCAAAG
 89363 (-) S00880       ATTGG
 89473 (+) S00908       CAACCAC
 89396 (+) S01904       CACCTG
 89565 (-) S01904       CACCTG
 89360 (+) S00089       CANYYY
 89414 (+) S00089       CANYYY
 89441 (+) S00089       CANYYY
 89493 (+) S00089       CANYYY
 89498 (+) S00089       CANYYY
 89580 (+) S00089       CANYYY
 89635 (+) S00089       CANYYY
 89630 (-) S00089       CANYYY
 89625 (-) S00089       CANYYY
 89620 (-) S00089       CANYYY
 89410 (-) S00089       CANYYY
 89349 (-) S00089       CANYYY
 89493 (+) S01616       CATTW
 89349 (-) S01616       CATTW
 89359 (+) S00633       CCAAT
 89403 (-) S01003       CCCAG
 89407 (-) S00801       CCCGCC
 89627 (-) S01936       CCCMNSSS
 89406 (-) S00802       CCGCCC
 89395 (-) S00040       CCTGC
 89479 (+) S00252       CTGATTA
 89521 (-) S00252       CTGATTA
 89582 (-) S01971       CTGGRAA
 89618 (-) S00794       CTTTCC
 89436 (+) S00994       CTTTGCAT
 89416 (+) S01622       CWKKANNY
 89460 (+) S01622       CWKKANNY
 89582 (-) S01622       CWKKANNY
 89380 (-) S01622       CWKKANNY
 89521 (+) S01502       GAGGAA
 89533 (-) S01502       GAGGAA
 89429 (+) S00973       GAGGC
 89556 (-) S01089       GCCAA
 89554 (+) S00437       GGCCG
 89402 (+) S00781       GGCGGG
 89401 (+) S00978       GGGCGG
 89401 (+) S01193       GGGNGGRR
 89535 (-) S01193       GGGNGGRR
 89567 (+) S00742       GGTCC
 89400 (+) S00064       KGGGCGGRRY
 89400 (+) S01542       KRGGCGKRRY
 89587 (-) S02023       MAMAG
 89448 (-) S02023       MAMAG
 89440 (-) S02023       MAMAG
 89558 (+) S01190       RYYWSGTG
 89601 (-) S00435       TACAAA
 89448 (+) S00972       TAGGC
 89343 (-) S00484       TATCTC
 89419 (+) S00483       TATCTT
 89462 (+) S01424       TGANTMA
 89468 (-) S01424       TGANTMA
 89462 (+) S01433       TGATTCAG
 89400 (+) S01375       TGGGC
 89594 (+) S01974       TRTTTGY
 89607 (+) S01052       TTTAAA
 89612 (-) S01052       TTTAAA
 89385 (+) S02121       WCTGG
 89385 (+) S00487       WCTRG
 89339 (+) S00381       WGATAR
 89423 (-) S00381       WGATAR
 89408 (-) S01081       YYCCGCCC
for promoter at position -   73885
 73594 (-) S01153       AARKGA
 73604 (-) S00922       AGAGG
 73715 (-) S00696       AGCCAAT
 73709 (+) S00880       ATTGG
 73839 (-) S00880       ATTGG
 73866 (+) S00395       CACGCW
 73670 (+) S00089       CANYYY
 73789 (+) S00089       CANYYY
 73804 (+) S00089       CANYYY
 73649 (-) S00089       CANYYY
 73628 (-) S00089       CANYYY
 73841 (+) S01616       CATTW
 73835 (+) S00633       CCAAT
 73713 (-) S00633       CCAAT
 73879 (-) S00070       CCACACCC
 73673 (+) S01003       CCCAG
 73874 (-) S01003       CCCAG
 73638 (+) S00057       CCTGAWWA
 73786 (+) S00489       CGTCA
 73596 (+) S00794       CTTTCC
 73626 (-) S01622       CWKKANNY
 73603 (-) S01502       GAGGAA
 73649 (+) S00973       GAGGC
 73649 (+) S02135       GAGGCC
 73714 (-) S01089       GCCAA
 73880 (-) S00363       GCCACACCC
 73872 (+) S00555       GGGTGTGG
 73607 (+) S02023       MAMAG
 73642 (+) S02023       MAMAG
 73729 (+) S02023       MAMAG
 73832 (-) S02023       MAMAG
 73779 (-) S02023       MAMAG
 73759 (-) S02023       MAMAG
 73722 (-) S02023       MAMAG
 73619 (+) S01205       SWATWWAG
 73821 (-) S01205       SWATWWAG
 73694 (+) S00191       TAAATTA
 73812 (-) S00435       TACAAA
 73751 (+) S00972       TAGGC
 73851 (+) S00087       TATAAA
 73854 (-) S00087       TATAAA
 73851 (+) S00615       TATAAAA
 73851 (+) S01540       TATAWAW
 73854 (-) S01540       TATAWAW
 73790 (-) S00665       TGACGCA
 73863 (+) S02137       TGGCA
 73799 (-) S02137       TGGCA
 73676 (-) S00043       TGGGMNNNNNGCCA
 73837 (-) S00044       TGGNNNNNNGCCA
 73776 (+) S02000       TKNNGNAAK
 73776 (+) S00121       TKNNGYAAK
 73738 (-) S02121       WCTGG
 73738 (-) S00487       WCTRG
 73736 (+) S00381       WGATAR
 73809 (+) S01629       WGNAMCYK
 73885 (+) S01896       YAACKG
 73837 (-) S01994       YGGMNNNNNGCCA
 73855 (-) S01989       YTAWAAATAR
for promoter at position -   26283
 26118 (-) S00234       AAAGTCCAG
 26033 (+) S00816       AAGATGGC
 26264 (+) S01153       AARKGA
 26143 (-) S01090       AATGA
 26069 (-) S01090       AATGA
 26201 (-) S01013       ACAGCTG
 26161 (+) S00922       AGAGG
 25992 (-) S00922       AGAGG
 26096 (-) S00392       AGGAAG
 26133 (+) S01432       AGTCAGTCA
 26034 (+) S01946       ANATGG
 26061 (+) S00089       CANYYY
 26066 (+) S00089       CANYYY
 26180 (+) S00089       CANYYY
 26248 (+) S00089       CANYYY
 26240 (-) S00089       CANYYY
 26112 (-) S00089       CANYYY
 26038 (-) S00089       CANYYY
 26022 (-) S00089       CANYYY
 26001 (-) S00089       CANYYY
 26206 (+) S01616       CATTW
 26234 (-) S02113       CCAGCTG
 26276 (-) S01003       CCCAG
 26235 (-) S01003       CCCAG
 26242 (-) S01936       CCCMNSSS
 26280 (-) S00040       CCTGC
 26109 (-) S00040       CCTGC
 26049 (-) S01703       CMGTTR
 26124 (+) S00318       CTCTCTGG
 26075 (-) S00150       CTGTGGAATG
 26027 (-) S00794       CTTTCC
 26073 (+) S01622       CWKKANNY
 26110 (+) S01622       CWKKANNY
 26216 (+) S01622       CWKKANNY
 26102 (+) S00973       GAGGC
 26162 (+) S00973       GAGGC
 26130 (+) S00207       GGCAGTCAG
 26158 (-) S01498       GGGRNTYYC
 26155 (-) S00742       GGTCC
 26079 (-) S00742       GGTCC
 26020 (+) S00839       GTGGAAA
 26020 (+) S01543       GTGGWWWG
 26073 (-) S01543       GTGGWWWG
 26031 (+) S02023       MAMAG
 26071 (+) S02023       MAMAG
 26158 (+) S02023       MAMAG
 26223 (+) S02023       MAMAG
 26263 (+) S02023       MAMAG
 26202 (-) S02023       MAMAG
 26119 (-) S02023       MAMAG
 26194 (+) S01950       RCAGNTG
 26227 (+) S01950       RCAGNTG
 26201 (-) S01950       RCAGNTG
 26253 (+) S00087       TATAAA
 26260 (+) S00087       TATAAA
 26122 (-) S00087       TATAAA
 26253 (+) S00615       TATAAAA
 26260 (+) S00615       TATAAAA
 26122 (-) S00615       TATAAAA
 26253 (+) S01540       TATAWAW
 26260 (+) S01540       TATAWAW
 26122 (-) S01540       TATAWAW
 26218 (+) S01426       TGACTCA
 26218 (+) S01424       TGANTMA
 26224 (-) S01424       TGANTMA
 26218 (+) S01935       TGASTMA
 26224 (-) S01935       TGASTMA
 26021 (+) S00988       TGGAAAG
 26129 (+) S02137       TGGCA
 26273 (+) S01375       TGGGC
 26048 (+) S00250       TGRMCC
 26074 (-) S01937       TGTGGWWW
 26224 (-) S01595       TKAGTCA
 26127 (+) S02121       WCTGG
 26271 (+) S02121       WCTGG
 26251 (-) S02121       WCTGG
 26127 (+) S00487       WCTRG
 26271 (+) S00487       WCTRG
 26283 (+) S00487       WCTRG
 26251 (-) S00487       WCTRG
 26074 (+) S01629       WGNAMCYK
 26044 (+) S01896       YAACKG
for promoter at position -   53529
 53427 (-) S01153       AARKGA
 53306 (-) S01153       AARKGA
 53459 (+) S01090       AATGA
 53471 (-) S01090       AATGA
 53305 (-) S01090       AATGA
 53308 (-) S00744       AGAAATG
 53248 (-) S01946       ANATGG
 53302 (+) S00089       CANYYY
 53387 (+) S00089       CANYYY
 53404 (+) S00089       CANYYY
 53484 (+) S00089       CANYYY
 53440 (-) S00089       CANYYY
 53271 (-) S00089       CANYYY
 53468 (+) S01598       CATTAGTG
 53302 (+) S01616       CATTW
 53468 (+) S01616       CATTW
 53462 (-) S01616       CATTW
 53385 (+) S01003       CCCAG
 53349 (-) S01703       CMGTTR
 53354 (-) S01197       CTATTC
 53340 (-) S01144       CTCATGA
 53321 (-) S01144       CTCATGA
 53295 (-) S00794       CTTTCC
 53316 (+) S01622       CWKKANNY
 53380 (-) S01622       CWKKANNY
 53263 (-) S01622       CWKKANNY
 53393 (-) S00973       GAGGC
 53436 (+) S01544       GSSWGSCC
 53442 (-) S01544       GSSWGSCC
 53234 (+) S02023       MAMAG
 53284 (+) S02023       MAMAG
 53504 (+) S02023       MAMAG
 53428 (-) S02023       MAMAG
 53411 (-) S02023       MAMAG
 53498 (-) S00477       MYWATCWY
 53501 (+) S00087       TATAAA
 53501 (+) S00615       TATAAAA
 53501 (+) S01540       TATAWAW
 53524 (+) S00484       TATCTC
 53317 (-) S01424       TGANTMA
 53485 (-) S02137       TGGCA
 53355 (+) S01375       TGGGC
 53434 (+) S01375       TGGGC
 53409 (+) S02000       TKNNGNAAK
 53409 (+) S00121       TKNNGYAAK
 53351 (-) S00563       TNNAKYNNKNNMTNATGA
 53381 (-) S02121       WCTGG
 53398 (-) S00487       WCTRG
 53381 (-) S00487       WCTRG
 53528 (-) S00381       WGATAR
 53344 (+) S01896       YAACKG
for promoter at position -   14043
 13972 (+) S01153       AARKGA
 13910 (-) S01153       AARKGA
 13953 (+) S02066       AGATTTTTC
 13791 (+) S00089       CANYYY
 13798 (+) S00089       CANYYY
 13897 (+) S00089       CANYYY
 14002 (-) S00089       CANYYY
 13756 (-) S00089       CANYYY
 14034 (+) S01616       CATTW
 14002 (-) S01616       CATTW
 13793 (-) S00252       CTGATTA
 13882 (-) S01622       CWKKANNY
 13961 (-) S02065       GAAAAATCT
 13854 (-) S00742       GGTCC
 13854 (+) S02023       MAMAG
 13971 (+) S02023       MAMAG
 13781 (-) S02023       MAMAG
 14014 (+) S00087       TATAAA
 14014 (+) S00615       TATAAAA
 14014 (+) S01540       TATAWAW
 13919 (+) S01424       TGANTMA
 13792 (-) S01424       TGANTMA
 13881 (+) S02137       TGGCA
 13814 (+) S01937       TGTGGWWW
 13879 (+) S02121       WCTGG
 13761 (+) S00487       WCTRG
 13808 (+) S00487       WCTRG
 13879 (+) S00487       WCTRG
 13982 (+) S00487       WCTRG
 14039 (+) S00487       WCTRG
 13987 (-) S00487       WCTRG
 13813 (-) S00487       WCTRG
 13914 (-) S00381       WGATAR
 13925 (-) S00018       WTATYCAT
for promoter at position -   69328
 69203 (+) S01152       AAGTGA
 69203 (+) S01153       AARKGA
 69124 (+) S01090       AATGA
 69128 (+) S00922       AGAGG
 69238 (+) S00922       AGAGG
 69258 (-) S00922       AGAGG
 69293 (+) S00099       AGCCACT
 69256 (-) S00392       AGGAAG
 69028 (-) S00392       AGGAAG
 69216 (-) S01946       ANATGG
 69126 (-) S00880       ATTGG
 69279 (+) S00089       CANYYY
 69310 (-) S00089       CANYYY
 69244 (-) S00089       CANYYY
 69207 (-) S00089       CANYYY
 69167 (-) S00089       CANYYY
 69134 (-) S00089       CANYYY
 69067 (-) S00089       CANYYY
 69212 (+) S00537       CATGTGGC
 69279 (+) S01616       CATTW
 69122 (+) S00633       CCAAT
 69045 (+) S01003       CCCAG
 69164 (-) S01003       CCCAG
 69098 (+) S00040       CCTGC
 69056 (-) S00040       CCTGC
 69200 (+) S01954       CGGAAGTG
 69061 (-) S01462       CTGAGCCTG
 69042 (-) S00794       CTTTCC
 69257 (-) S01502       GAGGAA
 69272 (+) S00856       GCACTC
 69269 (+) S00974       GGGGC
 69123 (-) S01193       GGGNGGRR
 69042 (+) S00742       GGTCC
 69085 (+) S00909       GTTTTAA
 69094 (-) S00909       GTTTTAA
 69188 (+) S02023       MAMAG
 69223 (+) S02023       MAMAG
 69268 (-) S02023       MAMAG
 69143 (-) S02023       MAMAG
 69075 (-) S02023       MAMAG
 69198 (+) S01770       RNMGGAWGT
 69091 (+) S02095       RRRCWWGYYY
 69100 (-) S02095       RRRCWWGYYY
 69177 (+) S01190       RYYWSGTG
 69257 (-) S02024       SAGGAAGY
 69137 (-) S00258       SCCCACCTC
 69299 (+) S01540       TATAWAW
 69199 (-) S00262       TCNTACTC
 69175 (+) S02100       TGASTAG
 69322 (-) S02137       TGGCA
 69213 (-) S02137       TGGCA
 69133 (+) S01375       TGGGC
 69166 (+) S00864       TGTCCT
 69034 (+) S02000       TKNNGNAAK
 69087 (+) S01052       TTTAAA
 69092 (-) S01052       TTTAAA
 69109 (+) S02121       WCTGG
 69159 (+) S02121       WCTGG
 69050 (-) S02121       WCTGG
 69109 (+) S00487       WCTRG
 69159 (+) S00487       WCTRG
 69177 (+) S00487       WCTRG
 69050 (-) S00487       WCTRG
 69243 (+) S00381       WGATAR
for promoter at position -  104929
104819 (-) S01152       AAGTGA
104819 (-) S01153       AARKGA
104875 (+) S01090       AATGA
104745 (+) S00595       AATTACAT
104758 (-) S01255       ACGTAAA
104927 (-) S00534       ACGTCA
104692 (-) S00922       AGAGG
104877 (-) S00880       ATTGG
104711 (+) S00039       CAGGATA
104698 (+) S00089       CANYYY
104779 (+) S00089       CANYYY
104815 (+) S00089       CANYYY
104857 (-) S00089       CANYYY
104810 (-) S00089       CANYYY
104750 (+) S01616       CATTW
104873 (+) S00633       CCAAT
104709 (+) S01003       CCCAG
104926 (-) S00489       CGTCA
104886 (-) S01619       CNNNTNNTNATTG
104774 (+) S01622       CWKKANNY
104920 (+) S01622       CWKKANNY
104830 (-) S01622       CWKKANNY
104808 (-) S01622       CWKKANNY
104878 (+) S00038       GAACAG
104886 (+) S01502       GAGGAA
104830 (+) S01089       GCCAA
104800 (-) S01089       GCCAA
104832 (+) S02023       MAMAG
104879 (+) S02023       MAMAG
104740 (-) S02023       MAMAG
104726 (-) S02023       MAMAG
104695 (-) S02023       MAMAG
104681 (-) S02023       MAMAG
104647 (-) S02023       MAMAG
104858 (-) S00477       MYWATCWY
104683 (-) S00435       TACAAA
104901 (+) S00087       TATAAA
104901 (+) S00615       TATAAAA
104901 (+) S01540       TATAWAW
104922 (+) S01059       TGACGT
104672 (+) S01458       TGAGACTT
104797 (+) S02137       TGGCA
104833 (-) S02137       TGGCA
104869 (-) S01937       TGTGGWWW
104811 (+) S01038       TGTTCACT
104739 (+) S02000       TKNNGNAAK
104739 (+) S00121       TKNNGYAAK
104764 (+) S01974       TRTTTGY
104801 (+) S00381       WGATAR
for promoter at position -   28428
 28155 (+) S00098       AACCAAT
 28194 (-) S01152       AAGTGA
 28194 (-) S01153       AARKGA
 28159 (+) S01090       AATGA
 28233 (+) S01090       AATGA
 28147 (+) S01013       ACAGCTG
 28383 (+) S00922       AGAGG
 28161 (-) S00880       ATTGG
 28190 (+) S00089       CANYYY
 28221 (+) S00089       CANYYY
 28328 (-) S00089       CANYYY
 28211 (-) S00089       CANYYY
 28133 (-) S00089       CANYYY
 28229 (+) S01616       CATTW
 28236 (-) S01616       CATTW
 28211 (-) S01616       CATTW
 28157 (+) S00633       CCAAT
 28174 (+) S01971       CTGGRAA
 28174 (+) S01622       CWKKANNY
 28247 (+) S01622       CWKKANNY
 28265 (+) S01622       CWKKANNY
 28404 (-) S01622       CWKKANNY
 28382 (-) S01622       CWKKANNY
 28264 (-) S01622       CWKKANNY
 28382 (+) S00090       GAGAGGA
 28384 (+) S01502       GAGGAA
 28167 (-) S01909       GAGGTC
 28277 (+) S02023       MAMAG
 28300 (+) S02023       MAMAG
 28310 (+) S02023       MAMAG
 28362 (+) S02023       MAMAG
 28407 (+) S02023       MAMAG
 28422 (+) S02023       MAMAG
 28417 (-) S02023       MAMAG
 28147 (+) S01950       RCAGNTG
 28313 (+) S02095       RRRCWWGYYY
 28322 (-) S02095       RRRCWWGYYY
 28397 (+) S01205       SWATWWAG
 28272 (-) S01205       SWATWWAG
 28291 (+) S00435       TACAAA
 28398 (+) S00087       TATAAA
 28186 (+) S00485       TCATCAC
 28213 (+) S01426       TGACTCA
 28213 (+) S01450       TGACTCAGC
 28213 (+) S01424       TGANTMA
 28219 (-) S01424       TGANTMA
 28213 (+) S01935       TGASTMA
 28219 (-) S01935       TGASTMA
 28137 (+) S01037       TGTTCT
 28219 (-) S01595       TKAGTCA
 28341 (+) S02000       TKNNGNAAK
 28259 (-) S02000       TKNNGNAAK
 28271 (+) S02121       WCTGG
 28130 (-) S02121       WCTGG
 28271 (+) S00487       WCTRG
 28130 (-) S00487       WCTRG

You could find helpful this tutorial is at http://www.embl-heidelberg.de/~seqanal/cou...enePred.00.html

But TSSG has changed here http://www.softberry.ru/berry.phtml?group=...&topic=tssg,

Hope it helps

Edited by Felipillo, 08 October 2009 - 08:42 PM.