请教各位：细胞系的msp - 细胞系msp结果UM都有条带 (Nov/05/2004 )
我的实验结果：有几个细胞系msp结果UM都有条带
许多文献上也是如此。
细胞系是单克隆，为什么会甲基化状态不一致呢？
甲基化的杂合嘛？
该怎么解释呢？
老板说细胞系应该只有一边有，把我训了一顿。
埃！！！
-naga-
还有个问题，
先用外引物扩，msp使用高Mg离子的pcr体系，和jumpstart Taq(Sigma)
M体系的条带直接测序没有问题；
U体系的条带直接测序发现，杂峰很强，中间的区域CpG位置，有很高的C峰干扰。
还是U体系特异性不够嘛。
-naga-
每个细胞的甲基化状态当然不可能一样，所以，出现部分甲基化的结果是正常的。虽然甲基
化是表遗传现象，可以遗传，但和其他性状一样，在培养过程中是可以改变的。
为什么要用MSP的产物测序？ 应该用外引物的产物测序。MSP产物不管是M产物还是U引物都会有偏差。 用U产物测序可以理解为什么比M产物结果差是因为在U产物中没有如何C， 这样C染料在测序反应中过剩并以杂带形式出现。
另外， 测序最好用下游引物。
-hula-
外引物直接测序，也尝试过；
但结果CpG的峰都有C有T,都是部分甲基化不成。
还是采用克隆测序呢？
-naga-
全部CpG出现部分甲基化很常见啦。但其他非CpG的C 不能有甲基化，否则就是转换不完全。
你如果拿去克隆，挑10个克隆测序，有可能5个是有甲基化的。 如果你的目的是机制研究，即了解某一部位的甲基化对转录的影响，应该克隆测序，但如果
只是一般的甲基化screen，那到犯不着。
QUOTE
老板说细胞系应该只有一边有，把我训了一顿
应该是你训他
-hula-
多谢你的帮助，
这样我就有底气和老板争了，他不是这个领域的。
多谢。
-naga-